北大生科院/CLS生物信息平台讲座

标题：不用编程就可以做生物信息分析的网站
时间：2014年12月16日，周二下午3点
地点：金光610室
报告人：李程，生物信息平台负责人
对未来报告内容的建议：lch3000@gmail.com

摘要：

生物信息学家的一个重要研究方向是为生物学 家提供可以自己使用的生物信息工具或网站，不用编写程序就能分析数据。比如每年一度的Nucleic Acids Research的数据库和网络服务器专刊（http://nar.oxfordjournals.org）。我在这里介绍一些常用的可以做生物信息分析的网站，大家可以带上联网的笔记本电脑跟我一起学习使用。

• UCSC Genome Browser，http://genome.ucsc.edu

搜索基因组位置，显示包括的基因信息，如外显子和内含子区域、基因序列在物种间的保守度，可以放大缩小。可显示许多公共数据的数据轨道（data track），如ENCODE项目的组蛋白修饰、转录因子结合位点、某个细胞类型的表达数据等，还可以上传显示自己的数据轨道。

• Galaxy，http://www.galaxyproject.org

生物序列分析，比如抽取一组基因的转录起始位点的上下游5kb的DNA序列。

• cBioPortal，www.cbioportal.org

提供癌症基因组项目（TCGA）的数据分析和画图，比如某一个基因在不同癌症类型中和正常样本相比的拷贝数和表达量变化。

• Gene Ontology和通路富集分析，http://david.niaid.nih.gov

从一个全基因组表达谱分析得到的差异表达的基因列表，看看它们中间富集的基因功能注释或通路，是不是有期望的或出乎意料的？

• Principal Component Analysis （PCA，主成份分析和降维），http://www.ncbi.nlm.nih.gov/m/pubmed/15734774/

把一个有若干样本点和许多变量的二维数据表投射到二维图上，使样本点尽量散开。可能发现新的样本点聚类，或样本点和变量间的隐含关系。

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